Хороший вопрос. Сам недавно заметил статью по процентам. Применительно к авансам возникает риск доначисления налогов по внереализационному доходу. Поэтому рекомендую включать в договор пункт следующего содержания "На основани п.1 ст. 317.1 Гражданского кодекса Российской Федерации, Сторонами со...

Если зарегистрируйте настройки в качестве ПО в Роспатенте, то можете поставить их на учет в качестве НМА.
Если хотите списать, считайте, что права на ПО вам не передавались, а просто оказаны услуги по адаптации версии 1С под ваши нужды.

Учитыватеся доля дохода от лицензирования своего ПО

Из буквального толкования статьи ФЗ 212, где сказано, что доход учитывается от реализации собственного ПО

В ряде случаев возможна разработка отдельного ПО на базе 1C, в т.ч. с использованием встроенного языка 1С.

Это от безнаказанности. Но, думаю, скоро это пройдет, т.к. требования налоговой к применению льгот (собираемости налогов) ужесточаются. Аргументы перечислил в недавно опублекованной статье на Мегамозге http://megamozg.ru/company/it-lex/blog/18240/ Можно еще сослаться на решение АС по делу Мэйл.Ру Ге...

Правопреемнику не требуется ваше согласие на использование ПО на основании лицензионного договора, заключенного присоединяемой компанией. Если срок использования (лицензии) ПО не истек, то правопреемник просто замещает прежнего лицензиата в договоре. Договор перезаключать тоже не требуется.

Да, сейчас размещение ссылки на контрафакт приравнивается к размещени контрафакта на своем сайте.