По договору поставки объектом сделки является товар, товары передаются по накладной. Одна операция - один оправдательный документ. Поэтому вам никто акт не будет подписывать. Иначе в учете будет задвоение сумм реализации.
Просите в накладной указывать в накладной товар - наименование ПО, сертификат идет в довесок, если сумма отдельно в цене не выделяется .