С точки зрения лицензиата.
Фактически расходы понесены? Обоснованы производственной необходимостью? Если, да, то вопросов по налогу не прибыль нет.
НДС к уплате не предъявляли, т.к. это лицензионный договор.
С точки зрения лицензиара.
Доход получен? В налоговую базу включен? Значит вопросов по налогу на прибыль или УСН нет.
Договор фактически исполнен? Существо обязательств выражалось в предоставлении прав на ПО? Переквалифицировать его на
$2 нельзя? ОК, значит реализация фактически прошла на условиях лицензионного договора.
Есть гражданские риски отсутствия прав, если считать договор незаключенным. Налоговых рисков я не вижу.